重元寺初名重玄寺，始建于梁武帝天监二年（公元503年），与寒山寺、灵岩寺及保圣寺同时代。清代因避康熙帝玄烨之讳，改“玄”为“元”，重元寺名就一直沿用至今。后重元寺在文革中完全损毁。
       2003年11月经江苏省人民政府批准恢复重建重元寺。重元寺的重建，坚持继承佛教传统。水止观音院——重元禅院——药师塔相互呼应，又与佛教文化景点相互配合，建成以关爱生命、度生护法为宗旨的佛教文化区，表现出莲花佛国的观音道场特色、万佛庄严的独特风貌。
       重元寺的恢复重建填补了古城苏州东面没有寺庙的空白，建成后的重元寺将成为苏州工业园区一道靓丽的风景线。